În perioada anilor '40-'50 ai secolului trecut, la Institutul de Istorie, Limbă şi Literatură au activat istorici pregătiţi în R.A.S.S.M. (F. Grecul, V. Senchevici, I. Grosul etc.), precum şi unii cercetători, care au studiat în universităţile din România (E. Russev, V. Coroban, Gh. Bogaci, Al. Kidel etc.). În această perioadă, în domeniul ştiinţelor istorice a continuat procesul de formare a direcţiilor de cercetare, s-a extins problematica şi s-a ridicat nivelul investigaţiilor ştiinţifice. Secţia de istorie a Institutului de Istorie, Limbă şi Literatură a adus o contribuţie esenţială la organizarea cercetărilor ştiinţifice, la studierea problemelor social-economice, politice, culturale ale istoriei Moldovei din cele mai vechi timpuri. Au apărut o serie de lucrări monografice şi culegeri tematice, în care au fost abordate şi studiate diverse Probleme privind originea moldovenilor şi formarea statalităţii moldoveneşti medievale, structura social-economică şi politică, evoluţia relaţiilor feudale în Ţara Moldovei în epoca medievală (Relaţiile feudale în Мoldova în secolele XIV-XVII (1950); F. Grecul. Structura social-economică şi politică a Moldovei în a doua jumătate a secolului al XV-lea (1950) şi Relaţiile agrare în Moldova în secolul al XV-lea prima jumătate a secolului al XVII-lea (1961). Realizări ştiinţifice semnificative au fost obţinute în sfera cercetării evoluţiei istorice a teritoriului dintre Nistru şi Prut, căruia, după încorporarea la Imperiul ţarist la 1812, i s-a atribuit denumirea istorică „Basarabia", în epoca modernă atenţia principală fiind acordată problemelor agrare. Au fost investigate particularităţile evoluţiei relaţiilor feudale şi căile de destrămare a acestora, geneza şi dezvoltarea relaţiilor capitaliste în mediul rural, situaţia şi structura socială a ţărănimii, realizarea reformelor agrare burgheze, mişcarea socială în Moldova la începutul secolului al XX-lea ş.a. Rezultatele ştiinţifice obţinute şi-au găsit reflectare în studiile monografice: Ţăranii din Basarabia 1812-1861 (I. Grosul, 1956); Dezvoltarea capitalismului în Basarabia în perioada postreformă (I. Видac, 1954); Reforma ţărănească în Basarabia din anii '60-'70 ai secolului al XIX-lea (I. Grosul, I. Видac, 1956); Revoluţia din anii 1905-1907 în Мoldova (I. Видac, 1955); Mişcarea revoluţionară din Мoldova în anii 1905-1907 (D. Semeakov, 1955).